瞬時轉染與穩定轉染，這兩者都是將目的基因轉染至特定哺乳動物細胞內，進而表達得到目的蛋白。但兩種方式在原理，操作流程等方面均有所區別。
一、實驗原理：
瞬時轉染原理：外源基因并沒有轉染到細胞的染色體上而是存在于游離的載體上,這樣可以在短時間內獲得基因的表達產物，但是隨著細胞的不斷分裂增殖外源基因最終會丟失，無法繼續進行重組蛋白的生產。
穩定轉染原理：外源基因轉染至細胞染色體上，目的基因不會隨著細胞傳代而消失，能夠長期穩定的生產目的蛋白。通過穩定轉染(穩定細胞系構建)能夠實現長期、穩定的生產重組蛋白。
二、操作步驟
1、瞬時轉染與穩定轉染所用的質粒是不同的，瞬轉的質粒不需要帶有抗性，而用于穩定轉染的質粒一定要帶有特定的抗性以便于后續的克隆株篩選。另外，兩者所用的培養基及實驗試劑也有所區別。
2、瞬時轉染的操作比構建穩定細胞系的操作簡單，構建好質粒后,經過細胞復蘇、轉染、細胞培養、蛋白純化等步驟即可得到目的蛋白;而構建穩定細胞系需要先將構建好的質粒線性化，再得入培養好的哺乳動物細胞內，通過一定的轉染方式實現質粒與細胞的融合，接著經過細胞池篩選、單克隆篩選、細胞傳代培養等步驟才能得到穩定轉染的細胞系。對穩定細胞系進行培養能夠長期穩定的生產目的蛋白。
三、特點：
瞬時轉染：能夠快速生產得到微量至中量的重組蛋白；實驗成本低；一個宿主可以帶有多個拷貝，表達效率高。
穩定細胞系構建：能夠長期穩定生產目的蛋白；得到穩轉株之后后續生產蛋白的成本降低；
能夠對基因進行基因插入、基因敲除等編輯操作。
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