聚合酶鏈反應(PCR)技術是在體外進行的由引物介導的酶促DNA擴增反應。PCR的原理是在模板DNA、PCR引物、四種脫氧核糖核苷酸(dNTP)及適當濃度的Mg2+存在的條件下，依賴于DNA聚合酶的體外酶促合成反應。兩個引物分別位于靶序列兩端，同兩條模板的3’端互補，由此限定擴增片段。PCR反應由一系列的變性→退火→延伸反復循環構成，即在高溫下模板雙鏈DNA變性解鏈，然后在較低溫度下同過量引物退火，再在適中溫度下由DNA聚合酶催化進行延伸。理論上，經過N次循環可使特定片段擴增到2n-1，考慮到擴增效率達不到100%，所以通常經25到30次循環可擴增到106倍，足夠后續實驗展開。下面分享提高PCR反應的特異性方法：
1、巣式pcr（Nest-PCR）可增加稀有靶序列的靈敏度；降低了擴增多個靶位點的可能性；提高PCR特異性2、遞減PCR（Touch Down PCR）：前幾個循環使用嚴謹的退火條件提高特異性；循環設在比估算的Tm高大約5℃的退火溫度下開始，然后每個循環降低1-2℃，直到退火溫度低于Tm 5℃ 。適合用于AFLP、DNA指紋分析等。
3、熱啟動PCR：抑制一種基本成分延遲DNA合成，直到PCR儀到達變性溫度。如在冰上配制PCR反應液以抑制Taq酶活性，后將其置于預熱的PCR儀中。
4、使用PCR增強劑：甲酰胺，DMSO，甘油，甜菜堿等可以降低熔解溫度，有助于引物退火，輔助DNA聚合酶延伸通過二級結構區。但是增強劑的濃度要適當。
5、可使用engreen的PCR試劑，添加改良的DNA聚合酶，大大提高擴增產物的特異性和保真性。
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